监督的学习任务,例如GigaiPixel全幻灯片图像(WSIS)等癌症存活预测是计算病理学中的关键挑战,需要对肿瘤微环境的复杂特征进行建模。这些学习任务通常通过不明确捕获肿瘤内异质性的深层多企业学习(MIL)模型来解决。我们开发了一种新颖的差异池体系结构,使MIL模型能够将肿瘤内异质性纳入其预测中。说明了基于代表性补丁的两个可解释性工具,以探测这些模型捕获的生物学信号。一项针对癌症基因组图集的4,479吉普像素WSI的实证研究表明,在MIL框架上增加方差汇总可改善五种癌症类型的生存预测性能。
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估计物体的距离是自动驾驶的一项安全至关重要的任务。专注于短距离对象,现有方法和数据集忽略了同样重要的远程对象。在本文中,我们引入了一项具有挑战性且探索不足的任务,我们将其称为长距离距离估计,以及两个数据集,以验证为此任务开发的新方法。然后,我们提出了第一个框架,即通过使用场景中已知距离的引用来准确估算远程对象的距离。从人类感知中汲取灵感,R4D通过将目标对象连接到所有引用来构建图形。图中的边缘编码一对目标和参考对象之间的相对距离信息。然后使用注意模块权衡参考对象的重要性,并将它们组合到一个目标对象距离预测中。与现有基准相比,这两个数据集的实验通过显示出显着改善,证明了R4D的有效性和鲁棒性。我们正在寻求制作提出的数据集,Waymo OpenDataSet-远程标签,可在Waymo.com/open/download上公开可用。
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冷冻切片(FS)是手术操作期间组织微观评估的制备方法。该程序的高速允许病理学医师快速评估关键的微观特征,例如肿瘤边距和恶性地位,以引导手术决策,并尽量减少对操作过程的干扰。然而,FS容易引入许多误导性的人工结构(组织学人工制品),例如核冰晶,压缩和切割人工制品,妨碍了病理学家的及时和准确的诊断判断。额外的培训和长期经验通常需要对冻结部分进行高度有效和时间关键的诊断。另一方面,福尔马林固定和石蜡嵌入(FFPE)的黄金标准组织制备技术提供了显着优越的图像质量,而是一种非常耗时的过程(12-48小时),使其不适合术语用。在本文中,我们提出了一种人工智能(AI)方法,通过在几分钟内将冻结的整个幻灯片(FS-WSIS)计算冻结的整个幻灯片(FS-WSIS)来改善FS图像质量。 AI-FFPE将FS人工制品终止了注意力机制的指导,该引导机制在利用FS输入图像和合成的FFPE样式图像之间利用建立的自正则化机制,以及综合相关特征的合成的FFPE样式图像。结果,AI-FFPE方法成功地生成了FFPE样式图像,而不会显着扩展组织处理时间,从而提高诊断准确性。我们证明了使用各种不同的定性和定量度量,包括来自20个董事会认证的病理学家的视觉图灵测试的各种不同的定性和定量度量。
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当植物天然产物与药物共容纳时,就会发生药代动力学天然产物 - 药物相互作用(NPDIS)。了解NPDI的机制是防止不良事件的关键。我们构建了一个知识图框架NP-KG,作为迈向药代动力学NPDIS的计算发现的一步。 NP-KG是一个具有生物医学本体论,链接数据和科学文献的全文,由表型知识翻译框架和语义关系提取系统,SEMREP和集成网络和动态推理组成的构建的科学文献的全文。通过路径搜索和元路径发现对药代动力学绿茶和kratom-prug相互作用的案例研究评估NP-KG,以确定与地面真实数据相比的一致性和矛盾信息。完全集成的NP-KG由745,512个节点和7,249,576个边缘组成。 NP-KG的评估导致了一致(绿茶的38.98%,kratom的50%),矛盾(绿茶的15.25%,21.43%,Kratom的21.43%),同等和矛盾的(15.25%)(21.43%,21.43%,21.43% kratom)信息。几种声称的NPDI的潜在药代动力学机制,包括绿茶 - 茶氧化烯,绿茶 - 纳多洛尔,Kratom-Midazolam,Kratom-Quetiapine和Kratom-Venlafaxine相互作用,与已出版的文献一致。 NP-KG是第一个将生物医学本体论与专注于天然产品的科学文献的全文相结合的公斤。我们证明了NP-KG在鉴定涉及酶,转运蛋白和药物的药代动力学相互作用的应用。我们设想NP-KG将有助于改善人机合作,以指导研究人员将来对药代动力学NPDIS进行研究。 NP-KG框架可在https://doi.org/10.5281/zenodo.6814507和https://github.com/sanyabt/np-kg上公开获得。
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通用数据模型解决了标准化电子健康记录(EHR)数据的许多挑战,但无法将其集成深度表型所需的资源。开放的生物学和生物医学本体论(OBO)铸造本体论提供了可用于生物学知识的语义计算表示,并能够整合多种生物医学数据。但是,将EHR数据映射到OBO Foundry本体论需要大量的手动策展和域专业知识。我们介绍了一个框架,用于将观察性医学成果合作伙伴关系(OMOP)标准词汇介绍给OBO铸造本体。使用此框架,我们制作了92,367条条件,8,615种药物成分和10,673个测量结果的映射。域专家验证了映射准确性,并且在24家医院进行检查时,映射覆盖了99%的条件和药物成分和68%的测量结果。最后,我们证明OMOP2OBO映射可以帮助系统地识别可能受益于基因检测的未诊断罕见病患者。
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子痫前期是孕产妇和胎儿发病率和死亡率的主要原因。目前,先兆子痫的唯一明确治疗方法是胎盘的递送,这对于疾病的发病机理至关重要。已经广泛地进行了鉴定出差异表达的基因(DEGS),已经进行了广泛的先兆子痫对人胎盘的转录分析。使用无偏见的测定法确定了DEG,但是,在实验上研究DEG的决策受到许多因素的偏见,导致许多DEGS仍未被评估。一组与疾病在实验上相关的DEG,但与文献中的疾病尚无相关性,被称为无知组。先兆子痫具有广泛的科学文献,大量的DEG数据库,只有一种确定的治疗方法。促进基于知识的分析的工具能够将许多来源的不同数据结合起来,以提出基本的行动机制,可能是支持发现并提高我们对这种疾病的理解的宝贵资源。在这项工作中,我们证明了如何使用生物医学知识图(KG)来识别新型的先兆子痫分子机制。现有的开源生物医学资源和公开可用的高通量转录分析数据用于识别和注释当前未经资助的先兆子痫相关的DEG的功能。使用文本挖掘方法从PubMed摘要中鉴定出与先兆子痫相关的基因。文本媒介和荟萃分析衍生的列表的相对补体被确定为未经投票的前启示性脱位相关的DEG(n = 445),即先前的无知组。使用KG研究相关的DEG,揭示了53种新型临床相关和生物学作用的机械关联。
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智能辅导系统的研究一直在探索以数据驱动的方式提供有效的适应性帮助。尽管在学生寻求帮助时已经做了很多工作来提供自适应帮助,但他们可能不会最佳地寻求帮助。这导致人们对积极的适应性援助的兴趣日益加剧,在这种援助的情况下,导师在预测斗争或非生产力的情况下提供了未经请求的援助。确定何时以及是否提供个性化支持是一个众所周知的挑战,称为援助困境。在开放式领域中解决这一难题特别具有挑战性,在开放式领域,可以有几种解决问题的方法。研究人员已经探索了确定何时主动帮助学生的方法,但是这些方法中很少有人考虑使用提示。在本文中,我们提出了一种新颖的数据驱动方法,以结合学生在预测他们的帮助需求时的提示。我们探索了它在智能导师中的影响,该导师涉及逻辑证明的开放式且结构良好的领域。我们提出了一项对照研究,以根据纳入学生提示的帮助的预测来调查自适应提示政策的影响。我们展示了经验证据,以支持这样的政策可以为学生节省大量的培训时间,并与没有主动干预的对照相比,可以改善后测试结果。我们还表明,纳入学生的提示可以显着提高适应性提示政策在预测学生的帮助方面的功效,从而降低培训的非生产力,减少可能的帮助避免,并增加可能的帮助适应性(在可能会在可能会获得可能会得到的情况下获得更高的机会,需要)。我们以有关该方法受益的领域的建议以及采用要求。
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尽管电子健康记录是生物医学研究的丰富数据来源,但这些系统并未在医疗环境中统一地实施,并且由于医疗保健碎片化和孤立的电子健康记录之间缺乏互操作性,可能缺少大量数据。考虑到缺少数据的案例的删除可能会在随后的分析中引起严重的偏见,因此,一些作者更喜欢采用多重插补策略来恢复缺失的信息。不幸的是,尽管几项文献作品已经通过使用现在可以自由研究的任何不同的多个归档算法记录了有希望的结果,但尚无共识,MI算法效果最好。除了选择MI策略之外,归纳算法及其应用程序设置的选择也至关重要且具有挑战性。在本文中,受鲁宾和范布伦的开创性作品的启发,我们提出了一个方法学框架,可以应用于评估和比较多种多个插补技术,旨在选择用于计算临床研究工作中最有效的推断。我们的框架已被应用于验证和扩展较大的队列,这是我们在先前的文献研究中提出的结果,我们在其中评估了关键患者的描述符和Covid-19的影响在2型糖尿病患者中的影响,其数据为2型糖尿病,其数据为2型糖尿病由国家共同队列合作飞地提供。
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知识追踪(KT)模型是一种流行的方法,可以通过以前的尝试来预测学生在实践问题上的未来表现。尽管在KT中进行了许多创新,但大多数模型在内,包括最先进的Deep KT(DKT)主要利用每个学生的响应是正确或不正确的,忽略了其内容。在这项工作中,我们提出了基于代码的深知识跟踪(Code-DKT),该模型使用注意机制自动提取并选择特定领域的代码功能来扩展DKT。我们比较了Code-DKT对贝叶斯和深度知识跟踪(BKT和DKT)的有效性,该数据集中有50名学生试图解决5个介绍性编程作业的学生。我们的结果表明,Code-DKT在5个任务中始终优于DKT的AUC 3.07-4.00%AUC,与DKT相对于其他最先进的域中总KT模型的改进是可比的。最后,我们通过一组案例研究来分析特定问题的性能,以证明何时以及如何改善代码DKT的预测。
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神经网络的越来越大的规模及其越来越多的应用空间对更高的能量和记忆有效的人工智能特定硬件产生了需求。 venues为了缓解主要问题,von neumann瓶颈,包括内存和近记忆架构,以及算法方法。在这里,我们利用磁隧道结(MTJ)的低功耗和固有的二进制操作来展示基于MTJ的无源阵列的神经网络硬件推断。通常,由于设备到装置的变化,写入误差,寄生电阻和非前沿,在性能下将训练的网络模型转移到推动的硬件。为了量化这些硬件现实的效果,我们将300个唯一重量矩阵解决方案的23个唯一的重量矩阵解决方案进行分类,以分类葡萄酒数据集,用于分类准确性和写真保真度。尽管设备不完美,我们可以实现高达95.3%的软件等效精度,并在15 x 15 MTJ阵列中正确调整具有一系列设备尺寸的阵列。此调谐过程的成功表明,需要新的指标来表征混合信号硬件中再现的网络的性能和质量。
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